constants

Defines constants used by package.

dms_variants.constants.AAS_NOSTOP = ('A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K', 'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V', 'W', 'Y')

Amino-acid one-letter codes alphabetized, doesn’t include stop.

Type:

tuple

dms_variants.constants.AAS_WITHSTOP = ('A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K', 'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V', 'W', 'Y', '*')

Amino-acid one-letter codes alphabetized plus stop as *.

Type:

tuple

dms_variants.constants.AAS_WITHSTOP_WITHGAP = ('A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K', 'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V', 'W', 'Y', '*', '-')

Amino-acid codes alphabetized plus stop as * and gap as -.

Type:

tuple

dms_variants.constants.AA_TO_CODONS = {'*': ['TAA', 'TAG', 'TGA'], 'A': ['GCA', 'GCC', 'GCG', 'GCT'], 'C': ['TGC', 'TGT'], 'D': ['GAC', 'GAT'], 'E': ['GAA', 'GAG'], 'F': ['TTC', 'TTT'], 'G': ['GGA', 'GGC', 'GGG', 'GGT'], 'H': ['CAC', 'CAT'], 'I': ['ATA', 'ATC', 'ATT'], 'K': ['AAA', 'AAG'], 'L': ['CTA', 'CTC', 'CTG', 'CTT', 'TTA', 'TTG'], 'M': ['ATG'], 'N': ['AAC', 'AAT'], 'P': ['CCA', 'CCC', 'CCG', 'CCT'], 'Q': ['CAA', 'CAG'], 'R': ['AGA', 'AGG', 'CGA', 'CGC', 'CGG', 'CGT'], 'S': ['AGC', 'AGT', 'TCA', 'TCC', 'TCG', 'TCT'], 'T': ['ACA', 'ACC', 'ACG', 'ACT'], 'V': ['GTA', 'GTC', 'GTG', 'GTT'], 'W': ['TGG'], 'Y': ['TAC', 'TAT']}

Reverse translate amino acid to list of encoding codons.

Type:

dict

dms_variants.constants.AA_TO_CODONS_WITHGAP = {'*': ['TAA', 'TAG', 'TGA'], '-': ['---'], 'A': ['GCA', 'GCC', 'GCG', 'GCT'], 'C': ['TGC', 'TGT'], 'D': ['GAC', 'GAT'], 'E': ['GAA', 'GAG'], 'F': ['TTC', 'TTT'], 'G': ['GGA', 'GGC', 'GGG', 'GGT'], 'H': ['CAC', 'CAT'], 'I': ['ATA', 'ATC', 'ATT'], 'K': ['AAA', 'AAG'], 'L': ['CTA', 'CTC', 'CTG', 'CTT', 'TTA', 'TTG'], 'M': ['ATG'], 'N': ['AAC', 'AAT'], 'P': ['CCA', 'CCC', 'CCG', 'CCT'], 'Q': ['CAA', 'CAG'], 'R': ['AGA', 'AGG', 'CGA', 'CGC', 'CGG', 'CGT'], 'S': ['AGC', 'AGT', 'TCA', 'TCC', 'TCG', 'TCT'], 'T': ['ACA', 'ACC', 'ACG', 'ACT'], 'V': ['GTA', 'GTC', 'GTG', 'GTT'], 'W': ['TGG'], 'Y': ['TAC', 'TAT']}

Reverse translate amino acid to codon list including gap (-).

Type:

dict

dms_variants.constants.CBPALETTE = ('#999999', '#E69F00', '#56B4E9', '#009E73', '#F0E442', '#0072B2', '#D55E00', '#CC79A7')

Color-blind safe palette.

From http://bconnelly.net/2013/10/creating-colorblind-friendly-figures/

Type:

tuple

dms_variants.constants.CODONS = ('AAA', 'AAC', 'AAG', 'AAT', 'ACA', 'ACC', 'ACG', 'ACT', 'AGA', 'AGC', 'AGG', 'AGT', 'ATA', 'ATC', 'ATG', 'ATT', 'CAA', 'CAC', 'CAG', 'CAT', 'CCA', 'CCC', 'CCG', 'CCT', 'CGA', 'CGC', 'CGG', 'CGT', 'CTA', 'CTC', 'CTG', 'CTT', 'GAA', 'GAC', 'GAG', 'GAT', 'GCA', 'GCC', 'GCG', 'GCT', 'GGA', 'GGC', 'GGG', 'GGT', 'GTA', 'GTC', 'GTG', 'GTT', 'TAA', 'TAC', 'TAG', 'TAT', 'TCA', 'TCC', 'TCG', 'TCT', 'TGA', 'TGC', 'TGG', 'TGT', 'TTA', 'TTC', 'TTG', 'TTT')

DNA codons, alphabetized.

Type:

tuple

dms_variants.constants.CODONS_NOSTOP = ('AAA', 'AAC', 'AAG', 'AAT', 'ACA', 'ACC', 'ACG', 'ACT', 'AGA', 'AGC', 'AGG', 'AGT', 'ATA', 'ATC', 'ATG', 'ATT', 'CAA', 'CAC', 'CAG', 'CAT', 'CCA', 'CCC', 'CCG', 'CCT', 'CGA', 'CGC', 'CGG', 'CGT', 'CTA', 'CTC', 'CTG', 'CTT', 'GAA', 'GAC', 'GAG', 'GAT', 'GCA', 'GCC', 'GCG', 'GCT', 'GGA', 'GGC', 'GGG', 'GGT', 'GTA', 'GTC', 'GTG', 'GTT', 'TAC', 'TAT', 'TCA', 'TCC', 'TCG', 'TCT', 'TGC', 'TGG', 'TGT', 'TTA', 'TTC', 'TTG', 'TTT')

DNA codons except for stop codons, alphabetized.

Type:

tuple

dms_variants.constants.CODONS_WITHGAP = ('AAA', 'AAC', 'AAG', 'AAT', 'ACA', 'ACC', 'ACG', 'ACT', 'AGA', 'AGC', 'AGG', 'AGT', 'ATA', 'ATC', 'ATG', 'ATT', 'CAA', 'CAC', 'CAG', 'CAT', 'CCA', 'CCC', 'CCG', 'CCT', 'CGA', 'CGC', 'CGG', 'CGT', 'CTA', 'CTC', 'CTG', 'CTT', 'GAA', 'GAC', 'GAG', 'GAT', 'GCA', 'GCC', 'GCG', 'GCT', 'GGA', 'GGC', 'GGG', 'GGT', 'GTA', 'GTC', 'GTG', 'GTT', 'TAA', 'TAC', 'TAG', 'TAT', 'TCA', 'TCC', 'TCG', 'TCT', 'TGA', 'TGC', 'TGG', 'TGT', 'TTA', 'TTC', 'TTG', 'TTT', '---')

DNA codons alphabetized plus --- for gap.

Type:

tuple

dms_variants.constants.CODON_TO_AA = {'AAA': 'K', 'AAC': 'N', 'AAG': 'K', 'AAT': 'N', 'ACA': 'T', 'ACC': 'T', 'ACG': 'T', 'ACT': 'T', 'AGA': 'R', 'AGC': 'S', 'AGG': 'R', 'AGT': 'S', 'ATA': 'I', 'ATC': 'I', 'ATG': 'M', 'ATT': 'I', 'CAA': 'Q', 'CAC': 'H', 'CAG': 'Q', 'CAT': 'H', 'CCA': 'P', 'CCC': 'P', 'CCG': 'P', 'CCT': 'P', 'CGA': 'R', 'CGC': 'R', 'CGG': 'R', 'CGT': 'R', 'CTA': 'L', 'CTC': 'L', 'CTG': 'L', 'CTT': 'L', 'GAA': 'E', 'GAC': 'D', 'GAG': 'E', 'GAT': 'D', 'GCA': 'A', 'GCC': 'A', 'GCG': 'A', 'GCT': 'A', 'GGA': 'G', 'GGC': 'G', 'GGG': 'G', 'GGT': 'G', 'GTA': 'V', 'GTC': 'V', 'GTG': 'V', 'GTT': 'V', 'TAA': '*', 'TAC': 'Y', 'TAG': '*', 'TAT': 'Y', 'TCA': 'S', 'TCC': 'S', 'TCG': 'S', 'TCT': 'S', 'TGA': '*', 'TGC': 'C', 'TGG': 'W', 'TGT': 'C', 'TTA': 'L', 'TTC': 'F', 'TTG': 'L', 'TTT': 'F'}

Maps codons to amino acids.

Type:

dict

dms_variants.constants.CODON_TO_AA_WITHGAP = {'---': '-', 'AAA': 'K', 'AAC': 'N', 'AAG': 'K', 'AAT': 'N', 'ACA': 'T', 'ACC': 'T', 'ACG': 'T', 'ACT': 'T', 'AGA': 'R', 'AGC': 'S', 'AGG': 'R', 'AGT': 'S', 'ATA': 'I', 'ATC': 'I', 'ATG': 'M', 'ATT': 'I', 'CAA': 'Q', 'CAC': 'H', 'CAG': 'Q', 'CAT': 'H', 'CCA': 'P', 'CCC': 'P', 'CCG': 'P', 'CCT': 'P', 'CGA': 'R', 'CGC': 'R', 'CGG': 'R', 'CGT': 'R', 'CTA': 'L', 'CTC': 'L', 'CTG': 'L', 'CTT': 'L', 'GAA': 'E', 'GAC': 'D', 'GAG': 'E', 'GAT': 'D', 'GCA': 'A', 'GCC': 'A', 'GCG': 'A', 'GCT': 'A', 'GGA': 'G', 'GGC': 'G', 'GGG': 'G', 'GGT': 'G', 'GTA': 'V', 'GTC': 'V', 'GTG': 'V', 'GTT': 'V', 'TAA': '*', 'TAC': 'Y', 'TAG': '*', 'TAT': 'Y', 'TCA': 'S', 'TCC': 'S', 'TCG': 'S', 'TCT': 'S', 'TGA': '*', 'TGC': 'C', 'TGG': 'W', 'TGT': 'C', 'TTA': 'L', 'TTC': 'F', 'TTG': 'L', 'TTT': 'F'}

Maps codons to amino acids including a gap codon (---).

Type:

dict

dms_variants.constants.NTS = ('A', 'C', 'G', 'T')

DNA nucleotide one-letter codes.

Type:

tuple

dms_variants.constants.NTS_AMBIGUOUS = ('A', 'B', 'C', 'D', 'G', 'H', 'K', 'M', 'N', 'R', 'S', 'T', 'V', 'W', 'Y')

DNA nucleotide one-letter codes including ambiguous ones.

Type:

tuple

dms_variants.constants.NTS_WITHGAP = ('A', 'C', 'G', 'T', '-')

DNA nucleotide one-letter codes and gap as -.

Type:

tuple

dms_variants.constants.NT_COMPLEMENT = {'A': 'T', 'B': 'V', 'C': 'G', 'D': 'H', 'G': 'C', 'H': 'D', 'K': 'M', 'M': 'K', 'N': 'N', 'R': 'Y', 'S': 'S', 'T': 'A', 'V': 'B', 'W': 'W', 'Y': 'R'}

Maps each nucleotide to its complement, including ambiguous ones.

Type:

dict

dms_variants.constants.NT_TO_REGEXP = {'A': 'A', 'B': '[CGT]', 'C': 'C', 'D': '[AGT]', 'G': 'G', 'H': '[ACT]', 'K': '[GT]', 'M': '[AC]', 'N': '[GATC]', 'R': '[AG]', 'S': '[CG]', 'T': 'T', 'V': '[ACG]', 'W': '[AT]', 'X': '[GATC]', 'Y': '[CT]'}

Maps nucleotide code to regular expression expansion.

Type:

dict

dms_variants.constants.SINGLE_NT_AA_MUTS = {'AAA': {'*', 'E', 'I', 'N', 'Q', 'R', 'T'}, 'AAC': {'D', 'H', 'I', 'K', 'S', 'T', 'Y'}, 'AAG': {'*', 'E', 'M', 'N', 'Q', 'R', 'T'}, 'AAT': {'D', 'H', 'I', 'K', 'S', 'T', 'Y'}, 'ACA': {'A', 'I', 'K', 'P', 'R', 'S'}, 'ACC': {'A', 'I', 'N', 'P', 'S'}, 'ACG': {'A', 'K', 'M', 'P', 'R', 'S'}, 'ACT': {'A', 'I', 'N', 'P', 'S'}, 'AGA': {'*', 'G', 'I', 'K', 'S', 'T'}, 'AGC': {'C', 'G', 'I', 'N', 'R', 'T'}, 'AGG': {'G', 'K', 'M', 'S', 'T', 'W'}, 'AGT': {'C', 'G', 'I', 'N', 'R', 'T'}, 'ATA': {'K', 'L', 'M', 'R', 'T', 'V'}, 'ATC': {'F', 'L', 'M', 'N', 'S', 'T', 'V'}, 'ATG': {'I', 'K', 'L', 'R', 'T', 'V'}, 'ATT': {'F', 'L', 'M', 'N', 'S', 'T', 'V'}, 'CAA': {'*', 'E', 'H', 'K', 'L', 'P', 'R'}, 'CAC': {'D', 'L', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'Y'}, 'CAG': {'*', 'E', 'H', 'K', 'L', 'P', 'R'}, 'CAT': {'D', 'L', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'Y'}, 'CCA': {'A', 'L', 'Q', 'R', 'S', 'T'}, 'CCC': {'A', 'H', 'L', 'R', 'S', 'T'}, 'CCG': {'A', 'L', 'Q', 'R', 'S', 'T'}, 'CCT': {'A', 'H', 'L', 'R', 'S', 'T'}, 'CGA': {'*', 'G', 'L', 'P', 'Q'}, 'CGC': {'C', 'G', 'H', 'L', 'P', 'S'}, 'CGG': {'G', 'L', 'P', 'Q', 'W'}, 'CGT': {'C', 'G', 'H', 'L', 'P', 'S'}, 'CTA': {'I', 'P', 'Q', 'R', 'V'}, 'CTC': {'F', 'H', 'I', 'P', 'R', 'V'}, 'CTG': {'M', 'P', 'Q', 'R', 'V'}, 'CTT': {'F', 'H', 'I', 'P', 'R', 'V'}, 'GAA': {'*', 'A', 'D', 'G', 'K', 'Q', 'V'}, 'GAC': {'A', 'E', 'G', 'H', 'N', 'V', 'Y'}, 'GAG': {'*', 'A', 'D', 'G', 'K', 'Q', 'V'}, 'GAT': {'A', 'E', 'G', 'H', 'N', 'V', 'Y'}, 'GCA': {'E', 'G', 'P', 'S', 'T', 'V'}, 'GCC': {'D', 'G', 'P', 'S', 'T', 'V'}, 'GCG': {'E', 'G', 'P', 'S', 'T', 'V'}, 'GCT': {'D', 'G', 'P', 'S', 'T', 'V'}, 'GGA': {'*', 'A', 'E', 'R', 'V'}, 'GGC': {'A', 'C', 'D', 'R', 'S', 'V'}, 'GGG': {'A', 'E', 'R', 'V', 'W'}, 'GGT': {'A', 'C', 'D', 'R', 'S', 'V'}, 'GTA': {'A', 'E', 'G', 'I', 'L'}, 'GTC': {'A', 'D', 'F', 'G', 'I', 'L'}, 'GTG': {'A', 'E', 'G', 'L', 'M'}, 'GTT': {'A', 'D', 'F', 'G', 'I', 'L'}, 'TAA': {'E', 'K', 'L', 'Q', 'S', 'Y'}, 'TAC': {'*', 'C', 'D', 'F', 'H', 'N', 'S'}, 'TAG': {'E', 'K', 'L', 'Q', 'S', 'W', 'Y'}, 'TAT': {'*', 'C', 'D', 'F', 'H', 'N', 'S'}, 'TCA': {'*', 'A', 'L', 'P', 'T'}, 'TCC': {'A', 'C', 'F', 'P', 'T', 'Y'}, 'TCG': {'*', 'A', 'L', 'P', 'T', 'W'}, 'TCT': {'A', 'C', 'F', 'P', 'T', 'Y'}, 'TGA': {'C', 'G', 'L', 'R', 'S', 'W'}, 'TGC': {'*', 'F', 'G', 'R', 'S', 'W', 'Y'}, 'TGG': {'*', 'C', 'G', 'L', 'R', 'S'}, 'TGT': {'*', 'F', 'G', 'R', 'S', 'W', 'Y'}, 'TTA': {'*', 'F', 'I', 'S', 'V'}, 'TTC': {'C', 'I', 'L', 'S', 'V', 'Y'}, 'TTG': {'*', 'F', 'M', 'S', 'V', 'W'}, 'TTT': {'C', 'I', 'L', 'S', 'V', 'Y'}}

Maps codon to amino-acids accessible by single-nucleotide change.

Type:

dict