plot human sera titers

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.17.6%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22full%22)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Make%20summary%20plots%20of%20the%20titers%20of%20different%20strains%20against%20human%20sera%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23%20Load%20context%20from%20pickled%20file.%0A%20%20%20%20%23%0A%20%20%20%20%23%20This%20cell%20supports%20multiple%20ways%20to%20provide%20context%3A%0A%20%20%20%20%23%201.%20Via%20command-line%3A%20marimo%20export%20html%20notebook.py%20--%20--context-pickle%20path%2Fto%2Fcontext.pickle%0A%20%20%20%20%23%202.%20Via%20saved%20pickle%3A%20Manually%20save%20a%20context%20pickle%20to%20a%20dev%20location%0A%20%20%20%20%23%203.%20Stub%20context%3A%20If%20no%20pickle%20available%2C%20creates%20minimal%20empty%20context%20for%20exploration%0A%20%20%20%20%23%0A%20%20%20%20%23%20For%20interactive%20development%20with%20%60marimo%20edit%60%2C%20you%20can%3A%0A%20%20%20%20%23%20-%20Run%20the%20pipeline%20once%20to%20generate%20a%20real%20context%20pickle%2C%20then%20copy%20it%20to%20a%20dev%20location%0A%20%20%20%20%23%20-%20Or%20work%20with%20the%20stub%20context%20(downstream%20cells%20will%20show%20warnings%2Fempty%20data)%0A%0A%20%20%20%20import%20argparse%0A%20%20%20%20import%20os%0A%20%20%20%20import%20pathlib%0A%20%20%20%20import%20pickle%0A%20%20%20%20import%20sys%0A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%0A%20%20%20%20%23%20Check%20if%20context-pickle%20argument%20is%20provided%20(run%20by%20driver%20script)%0A%20%20%20%20from_cmdline%20%3D%20%22--context-pickle%22%20in%20sys.argv%0A%0A%20%20%20%20if%20from_cmdline%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Running%20via%20driver%20script%20-%20parse%20args%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(%22Loading%20context%20from%20command-line%20argument%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20p%20%3D%20argparse.ArgumentParser()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20p.add_argument(%22--context-pickle%22%2C%20required%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20args%20%3D%20p.parse_args()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20context_pickle_path%20%3D%20pathlib.Path(args.context_pickle)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Running%20in%20marimo%20edit%20-%20try%20to%20use%20development%20pickle%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(%22Running%20in%20marimo%20edit%20mode%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20set%20%60context_pickle_path%60%20to%20valid%20pickle%20if%20running%20via%20marimo%20edit%0A%20%20%20%20%20%20%20%20context_pickle_path%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20context_pickle_path%20%3D%20pathlib.Path(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22results%2Faggregated_analyses%2Fplot_human_sera_titers_context.pickle%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Load%20context%20if%20pickle%20path%20exists%20and%20is%20valid%0A%20%20%20%20if%20context_pickle_path%20and%20context_pickle_path.exists()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Reading%20context%20from%20%7Bcontext_pickle_path%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20open(context_pickle_path%2C%20%22rb%22)%20as%20f_context%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20context%20%3D%20pickle.load(f_context)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Handle%20working%20directory%0A%20%20%20%20%20%20%20%20context_workdir%20%3D%20context%5B%22workdir%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20current_workdir%20%3D%20os.getcwd()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20from_cmdline%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Running%20via%20snakemake%20-%20verify%20workdir%20matches%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20context_workdir%20!%3D%20current_workdir%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20RuntimeError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Context%20workdir%20mismatch!%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20Context%20was%20created%20in%3A%20%7Bcontext_workdir%7D%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20Currently%20running%20in%3A%20%20%20%7Bcurrent_workdir%7D%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22This%20should%20not%20happen%20when%20running%20via%20Snakemake.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Verified%20working%20directory%3A%20%7Bcurrent_workdir%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Running%20in%20marimo%20edit%20-%20change%20to%20context%20workdir%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20context_workdir%20and%20context_workdir%20!%3D%20current_workdir%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Changing%20directory%20from%20%7Bcurrent_workdir%7D%20to%20%7Bcontext_workdir%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20os.chdir(context_workdir)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20context_workdir%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Already%20in%20correct%20working%20directory%3A%20%7Bcontext_workdir%7D%22)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Create%20a%20minimal%20stub%20context%20for%20interactive%20development%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(%22Creating%20minimal%20stub%20context%20that%20you%20need%20to%20complete%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20context%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22input%22%3A%20%7B%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22output%22%3A%20%7B%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22params%22%3A%20%7B%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22wildcards%22%3A%20%7B%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22threads%22%3A%201%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22resources%22%3A%20%7B%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20return%20context%2C%20mo%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Read%20data%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20itertools%0A%20%20%20%20import%20json%0A%0A%20%20%20%20import%20altair%20as%20alt%0A%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%0A%20%20%20%20_%20%3D%20alt.data_transformers.disable_max_rows()%0A%20%20%20%20return%20alt%2C%20itertools%2C%20json%2C%20pd%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(context)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Extract%20variables%20from%20context%20-%20raises%20KeyError%20if%20required%20keys%20missing%0A%20%20%20%20metadata_csv%20%3D%20context%5B%22input%22%5D%5B%22metadata_csv%22%5D%0A%20%20%20%20titers_csv%20%3D%20context%5B%22input%22%5D%5B%22titers_csv%22%5D%0A%20%20%20%20virus_csv%20%3D%20context%5B%22input%22%5D%5B%22virus_csv%22%5D%0A%20%20%20%20viral_strain_plot_order_csv%20%3D%20context%5B%22input%22%5D%5B%22viral_strain_plot_order%22%5D%0A%20%20%20%20recent_vaccine_strains%20%3D%20context%5B%22params%22%5D%5B%22recent_vaccine_strains%22%5D%0A%20%20%20%20circulating_strain_type%20%3D%20context%5B%22params%22%5D%5B%22circulating_strain_type%22%5D%0A%20%20%20%20human_sera_plots_params%20%3D%20context%5B%22params%22%5D%5B%22human_sera_plots_params%22%5D%0A%20%20%20%20summarized_titers_csv%20%3D%20context%5B%22output%22%5D%5B%22summarized_titers_csv%22%5D%0A%20%20%20%20sera_collection_date_and_age_plot%20%3D%20context%5B%22output%22%5D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22sera_collection_date_and_age_plot%22%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20chart_htmls%20%3D%20context%5B%22output%22%5D%5B%22chart_htmls%22%5D%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chart_htmls%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20circulating_strain_type%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20human_sera_plots_params%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20metadata_csv%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20recent_vaccine_strains%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sera_collection_date_and_age_plot%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20summarized_titers_csv%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20titers_csv%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20viral_strain_plot_order_csv%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20virus_csv%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20circulating_strain_type%2C%0A%20%20%20%20metadata_csv%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20recent_vaccine_strains%2C%0A%20%20%20%20titers_csv%2C%0A%20%20%20%20viral_strain_plot_order_csv%2C%0A%20%20%20%20virus_csv%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20metadata_all%20%3D%20pd.read_csv(metadata_csv)%0A%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22Read%20%7Blen(metadata_all)%3D%7D%20for%20sera%20from%20%7Bmetadata_csv%3D%7D%22))%0A%0A%20%20%20%20titers_all%20%3D%20pd.read_csv(titers_csv)%0A%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22%5CnRead%20%7Blen(titers_all)%3D%7D%20titers%20from%20%7Btiters_csv%3D%7D%22))%0A%20%20%20%20assert%20set(titers_all%5B%22serum%22%5D)%20%3D%3D%20set(metadata_all%5B%22serum%22%5D)%0A%0A%20%20%20%20viruses_all%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pd.read_csv(virus_csv)%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%22strain%22%2C%20%22subtype%22%2C%20%22strain_type%22%2C%20%22subclade%22%2C%20%22vaccine_type%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.drop_duplicates()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.rename(columns%3D%7B%22strain%22%3A%20%22virus%22%7D)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20assert%20set(titers_all%5B%22virus%22%5D).issubset(viruses_all%5B%22virus%22%5D)%0A%20%20%20%20assert%20set(recent_vaccine_strains).issubset(viruses_all%5B%22virus%22%5D)%0A%20%20%20%20if%20not%20set(viruses_all%5B%22strain_type%22%5D).issubset(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7Bcirculating_strain_type%2C%20%22vaccine%22%7D%0A%20%20%20%20)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7Bviruses_all%5B'strain_type'%5D%3D%7D%20!%3D%20%5B'vaccine'%2C%20%7Bcirculating_strain_type%3D%7D%5D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20viruses_all%5B%22strain_type%22%5D%20%3D%20viruses_all%5B%22strain_type%22%5D.where(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20~viruses_all%5B%22virus%22%5D.isin(recent_vaccine_strains)%2C%20%22recent_vaccine%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22%5CnRead%20%7Blen(viruses_all)%3D%7D%20viruses%20from%20%7Bvirus_csv%3D%7D%22))%0A%0A%20%20%20%20viral_strain_plot_order%20%3D%20pd.read_csv(viral_strain_plot_order_csv)%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22strain%22%0A%20%20%20%20%5D.tolist()%0A%20%20%20%20assert%20set(viruses_all%5B%22virus%22%5D).issubset(viral_strain_plot_order)%0A%20%20%20%20return%20metadata_all%2C%20titers_all%2C%20viral_strain_plot_order%2C%20viruses_all%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Get%20fraction%20of%20sera%20and%20viruses%20with%20titers%0A%20%20%20%20Look%20at%20the%20fraction%20of%20sera%20and%20viruses%20with%20titers.%0A%20%20%20%20We%20generally%20may%20want%20to%20drop%20sera%20that%20lack%20titers%20for%20many%20viruses%2C%20and%20viruses%20that%20lack%20titers%20for%20many%20sera.%0A%20%20%20%20Depending%20on%20%60min_frac_action%60%20(specified%20in%20configuration)%2C%20we%20either%20raise%20an%20error%20if%20any%20sera%20or%20viruses%20are%20below%20the%20fractions%20specified%20in%20the%20configuration%2C%20or%20drop%20any%20sera%20or%20titers%20below%20these%20fractions.%0A%20%20%20%20In%20general%20for%20production%20runs%20you%20may%20want%20to%20raise%20an%20error%20and%20filter%20these%20at%20an%20upstream%20step.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20alt%2C%0A%20%20%20%20human_sera_plots_params%2C%0A%20%20%20%20metadata_all%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20titers_all%2C%0A%20%20%20%20viruses_all%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20min_frac_action%20%3D%20human_sera_plots_params%5B%22min_frac_action%22%5D%0A%0A%20%20%20%20titers%20%3D%20titers_all.copy()%0A%20%20%20%20metadata%20%3D%20metadata_all.copy()%0A%20%20%20%20viruses%20%3D%20viruses_all.copy()%0A%0A%20%20%20%20for%20min_frac_type%2C%20vals%2C%20frac_vals%2C%20col%2C%20frac_var%20in%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22min_frac_strains%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20set(metadata%5B%22serum%22%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20set(viruses%5B%22virus%22%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22serum%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22min_frac_sera%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20set(viruses%5B%22virus%22%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20set(metadata%5B%22serum%22%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22serum%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20min_frac%20%3D%20human_sera_plots_params%5Bmin_frac_type%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%5CnChecking%20for%20%7Bmin_frac_type%3D%7D%20at%20cutoff%20of%20%7Bmin_frac%3D%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20frac_df%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titers.groupby(col%2C%20as_index%3DFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.aggregate(n_w_titers%3Dpd.NamedAgg(col%2C%20%22count%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.assign(frac_w_titers%3Dlambda%20x%3A%20x%5B%22n_w_titers%22%5D%20%2F%20len(frac_vals))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20frac_df%20%3D%20pd.concat(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20frac_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pd.DataFrame(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20col%3A%20%5Bv%20for%20v%20in%20vals%20if%20v%20not%20in%20set(frac_df%5Bcol%5D)%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22n_w_titers%22%3A%200%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22frac_w_titers%22%3A%200.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ignore_index%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20assert%20len(frac_df)%20%3D%3D%20len(vals)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20assert%20(frac_df%5B%22frac_w_titers%22%5D%20%3C%3D%201).all()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20frac_df%5B%22below_cutoff%22%5D%20%3D%20frac_df%5B%22frac_w_titers%22%5D%20%3C%20min_frac%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20frac_chart%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(frac_df)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22frac_w_titers%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df%22fraction%20%7Bfrac_var%7D%20with%20titers%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(domain%3D%5B0%2C%201%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y(col%2C%20sort%3Dalt.SortField(%22frac_w_titers%22%2C%20order%3D%22descending%22))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Fill(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22below_cutoff%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df%22below%20cutoff%20of%20%7Bmin_frac_type%7D%20%3D%20%7Bmin_frac%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5Bcol%2C%20%22n_w_titers%22%2C%20alt.Tooltip(%22frac_w_titers%22%2C%20format%3D%22.3f%22)%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_bar()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.properties(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3Dalt.Step(11)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20width%3D135%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df%22%7Bfrac_var%7D%20with%20titers%20for%20each%20%7Bcol%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_axis(labelLimit%3D500)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_legend(titleLimit%3D500)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(frac_chart)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20failed%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20frac_df.query(%22below_cutoff%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.sort_values(%22frac_w_titers%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index(drop%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20below_frac%20%3D%20set(failed%5Bcol%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Overall%2C%20%7Blen(below_frac)%7D%20%7Bcol%7D%20have%20titers%20for%20less%20than%20%7Bmin_frac%7D%20%7Bfrac_var%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(failed)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(failed)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20min_frac_action%20%3D%3D%20%22raise%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20failed.empty%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20frac_df.query(%22below_cutoff%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.sort_values(%22frac_w_titers%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.reset_index(drop%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20min_frac_action%20%3D%3D%20%22drop%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20failed.empty%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22Dropping%20these%20%7Bcol%7D%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titers%20%3D%20titers%5B~titers%5Bcol%5D.isin(below_frac)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20col%20%3D%3D%20%22serum%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20metadata%20%3D%20metadata%5B~metadata%5Bcol%5D.isin(below_frac)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20col%20%3D%3D%20%22virus%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20viruses%20%3D%20viruses%5B~viruses%5Bcol%5D.isin(below_frac)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(f%22invalid%20%7Bmin_frac_action%3D%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.output.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%5CnAfter%20any%20filtering%3A%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%5Cn%20%7Blen(titers)%3D%7D%20%2F%20%7Blen(titers_all)%3D%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%5Cn%20%7Blen(viruses)%3D%7D%20%2F%20%7Blen(viruses_all)%3D%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%5Cn%20%7Blen(metadata)%3D%7D%20%2F%20%7Blen(metadata_all)%3D%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20metadata%2C%20titers%2C%20viruses%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Plot%20age%20and%20collection%20distributions%20of%20sera%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20metadata%2C%20mo%2C%20sera_collection_date_and_age_plot)%3A%0A%20%20%20%20sera_base%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20metadata%5B%5B%22group%22%2C%20%22serum%22%2C%20%22collection_date_numerical%22%2C%20%22age_years%22%5D%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.assign(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n%3Dlambda%20x%3A%20x.groupby(%22group%22)%5B%22serum%22%5D.transform(%22count%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20group%3Dlambda%20x%3A%20x%5B%22group%22%5D%20%2B%20%22%20(n%3D%22%20%2B%20x%5B%22n%22%5D.astype(str)%20%2B%20%22)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.drop(columns%3D%22n%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(alt.Row(%22group%22%2C%20title%3DNone))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_bar()%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20sera_date_chart%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sera_base.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22yearmonth(collection_date_numerical)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22collection%20date%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(format%3D%22%25b-%25Y%22%2C%20labelAngle%3D270)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(nice%3DFalse%2C%20padding%3D3)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22count()%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22number%20of%20sera%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(nice%3DFalse%2C%20padding%3D3)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.resolve_scale(y%3D%22independent%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.properties(height%3D80%2C%20width%3D70)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20sera_age_chart%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sera_base.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22age_years%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22age%20(years)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20bin%3Dalt.Bin(step%3D5%2C%20anchor%3D0)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(nice%3DFalse%2C%20padding%3D3)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22count()%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22number%20of%20sera%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(nice%3DFalse%2C%20padding%3D3)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.resolve_scale(y%3D%22independent%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.properties(height%3D80%2C%20width%3D150)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20sera_chart%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.hconcat(sera_date_chart%2C%20sera_age_chart)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_axis(grid%3DFalse%2C%20titleFontWeight%3D%22normal%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_header(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3DNone%2C%20labelOrient%3D%22top%22%2C%20labelFontSize%3D11%2C%20labelPadding%3D2%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_facet(spacing%3D7)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_view(stroke%3D%22black%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.properties(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Dalt.TitleParams(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22collection%20dates%20and%20subject%20ages%20for%20sera%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20anchor%3D%22middle%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.output.append(sera_chart)%0A%0A%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22Saving%20chart%20to%20%7Bsera_collection_date_and_age_plot%7D%22))%0A%20%20%20%20sera_chart.save(sera_collection_date_and_age_plot)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Plot%20all%20the%20titers%0A%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Assign%20label%20colors%20by%20subclade%20%2F%20vaccine%20type%0A%20%20%20%20Define%20color%20mapping%20from%20subclade%20(circulating%20strains)%20or%20vaccine%20type%20(vaccine%20strains)%20to%20colors%20for%20label%20coloring%2C%20then%20create%20an%20expression%20that%20can%20be%20passed%20to%20%60altair%60%20*labelColor*%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20circulating_strain_type%2C%0A%20%20%20%20human_sera_plots_params%2C%0A%20%20%20%20json%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20viral_strain_plot_order%2C%0A%20%20%20%20viruses%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20strain_color_prop%20%3D%20viruses.assign(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20strain%3Dlambda%20x%3A%20pd.Categorical(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%5B%22virus%22%5D%2C%20viral_strain_plot_order%2C%20ordered%3DTrue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color_prop%3Dlambda%20x%3A%20x%5B%22subclade%22%5D.where(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%5B%22strain_type%22%5D%20%3D%3D%20circulating_strain_type%2C%20x%5B%22vaccine_type%22%5D%20%2B%20%22%20vaccine%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20).sort_values(%22strain%22)%0A%0A%20%20%20%20assert%20strain_color_prop%5B%22color_prop%22%5D.notnull().all()%0A%20%20%20%20assert%20set(viruses%5B%22virus%22%5D)%20%3D%3D%20set(strain_color_prop%5B%22strain%22%5D)%0A%0A%20%20%20%20viruses%5B%22color_prop%22%5D%20%3D%20viruses%5B%22virus%22%5D.map(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20strain_color_prop.set_index(%22strain%22)%5B%22color_prop%22%5D.to_dict()%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20prop_colors%20%3D%20human_sera_plots_params%5B%22prop_colors%22%5D%0A%0A%20%20%20%20other_prop_colors%20%3D%20human_sera_plots_params%5B%22other_prop_colors%22%5D%0A%0A%20%20%20%20for%20_subtype%20in%20strain_color_prop%5B%22subtype%22%5D.unique()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20subtype_color_props%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20strain_color_prop%5Bstrain_color_prop%5B%22subtype%22%5D%20%3D%3D%20_subtype%5D%5B%22color_prop%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.unique()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20props_not_yet_colored%20%3D%20%5Bp%20for%20p%20in%20subtype_color_props%20if%20p%20not%20in%20prop_colors%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(props_not_yet_colored)%20%3E%20len(other_prop_colors)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22props_not_yet_colored%3D%7Bprops_not_yet_colored!r%7D%20longer%20than%20other_prop_colors%3D%7Bother_prop_colors!r%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20prop_colors.update(dict(zip(props_not_yet_colored%2C%20other_prop_colors)))%0A%0A%20%20%20%20mo.output.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pd.Series(prop_colors).rename(%22color%22).rename_axis(%22property%22).to_frame()%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20assert%20set(strain_color_prop%5B%22color_prop%22%5D).issubset(prop_colors)%0A%0A%20%20%20%20strain_color_prop%20%3D%20strain_color_prop.assign(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Dlambda%20x%3A%20x%5B%22color_prop%22%5D.map(prop_colors)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20color_mapping%20%3D%20strain_color_prop.set_index(%22virus%22)%5B%22color%22%5D.to_dict()%0A%0A%20%20%20%20%23%20make%20a%20different%20color%20map%20for%20each%20subtype%20as%20they%20are%20plotted%20separately%0A%20%20%20%20labelColor_expr%20%3D%20f%22(%7Bjson.dumps(color_mapping)%7D)%5Bdatum.label%5D%20%7C%7C%20'black'%22%0A%20%20%20%20return%20labelColor_expr%2C%20strain_color_prop%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Now%20make%20nicely%20formatted%20charts%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20alt%2C%0A%20%20%20%20human_sera_plots_params%2C%0A%20%20%20%20labelColor_expr%2C%0A%20%20%20%20metadata%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20titers%2C%0A%20%20%20%20viral_strain_plot_order%2C%0A%20%20%20%20viruses%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20First%20set%20up%20the%20base%20chart%20and%20selections%0A%0A%20%20%20%20facet_size%20%3D%20human_sera_plots_params%5B%22facet_size%22%5D%0A%20%20%20%20facet_orientation%20%3D%20human_sera_plots_params%5B%22facet_orientation%22%5D%0A%20%20%20%20assert%20facet_orientation%20in%20%7B%22vertical%22%2C%20%22horizontal%22%7D%2C%20f%22%7Bfacet_orientation%3D%7D%22%0A%20%20%20%20titer_encoding%20%3D%20%22x%22%20if%20facet_orientation%20%3D%3D%20%22vertical%22%20else%20%22y%22%0A%0A%20%20%20%20assert%20len(titers)%20%3D%3D%20len(titers.groupby(%5B%22serum%22%2C%20%22virus%22%5D))%0A%20%20%20%20assert%20viruses%5B%22virus%22%5D.nunique()%20%3D%3D%20len(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20viruses.groupby(%5B%22virus%22%2C%20%22subtype%22%2C%20%22strain_type%22%5D)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20for%20group%20labels%20within%20altair%20we%20calculate%20these%20to%20have%20n%20too%0A%20%20%20%20groups%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pd.concat(%5Bmetadata%2C%20metadata.assign(group%3D%22All%22)%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby(%22group%22%2C%20as_index%3DFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.aggregate(n%3Dpd.NamedAgg(%22serum%22%2C%20%22nunique%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.assign(group%3Dlambda%20x%3A%20x%5B%22group%22%5D%20%2B%20%22%20(n%3D%22%20%2B%20x%5B%22n%22%5D.astype(str)%20%2B%20%22)%22)%5B%22group%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.tolist()%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20groups%20%3D%20%5B%22All%22%2C%20*sorted(metadata%5B%22group%22%5D.unique())%5D%0A%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22Plotting%20%7Bgroups%3D%7D%22))%0A%0A%20%20%20%20virus_selection%20%3D%20alt.selection_point(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fields%3D%5B%22virus%22%5D%2C%20on%3D%22mouseover%22%2C%20empty%3DFalse%2C%20clear%3D%22mouseout%22%2C%20nearest%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20serum_selection%20%3D%20alt.selection_point(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fields%3D%5B%22serum%22%5D%2C%20on%3D%22mouseover%22%2C%20empty%3DFalse%2C%20clear%3D%22mouseout%22%2C%20nearest%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20group_selection%20%3D%20alt.selection_point(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fields%3D%5B%22group%22%5D%2C%20bind%3D%22legend%22%2C%20empty%3D%22all%22%2C%20toggle%3D%22true%22%2C%20clear%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20select%20by%20color%20used%20to%20color%20strain%20labels%0A%20%20%20%20color_prop_selection%20%3D%20alt.selection_point(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fields%3D%5B%22color_prop%22%5D%2C%20bind%3D%22legend%22%2C%20empty%3D%22all%22%2C%20toggle%3D%22true%22%2C%20clear%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20max_age%20%3D%205%20*%20int(metadata%5B%22age_years%22%5D.max()%20%2F%2F%205)%20%2B%205%0A%20%20%20%20assert%20all(metadata%5B%22age_years%22%5D%20%3C%3D%20max_age)%0A%20%20%20%20min_age_slider%20%3D%20alt.param(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bind%3Dalt.binding_range(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20min%3D0%2C%20max%3Dmax_age%2C%20step%3D5%2C%20name%3D%22minimum%20subject%20age%20(years)%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20max_age_slider%20%3D%20alt.param(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dmax_age%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bind%3Dalt.binding_range(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20min%3D0%2C%20max%3Dmax_age%2C%20step%3D5%2C%20name%3D%22maximum%20subject%20age%20(years)%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20make%20the%20chart%20base%2C%20using%20transform_lookup%20to%20make%20it%20as%20small%20as%20possible%0A%20%20%20%20%23%20by%20looking%20up%20serum-specific%20and%20virus-specific%20annotations%0A%20%20%20%20titers_base_nolookup%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(titers%5B%5B%22serum%22%2C%20%22virus%22%2C%20%22titer%22%5D%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.add_params(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20virus_selection%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20serum_selection%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20group_selection%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color_prop_selection%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20min_age_slider%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max_age_slider%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%22y%22%20if%20facet_orientation%20%3D%3D%20%22vertical%22%20else%20%22x%22)%3A%20alt.Y(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3Dlist(reversed(viral_strain_plot_order))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelLimit%3D500%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelColor%3D%7B%22expr%22%3A%20labelColor_expr%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelFontWeight%3D600%2C%20%20%23%20make%20a%20bit%20bolder%20so%20colors%20show%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelExpr%3D%22replace(datum.label%2C%20regexp('_%5B%5E_%5D*%24')%2C%20'')%22%2C%20%20%23%20remove%20_H1N1%20or%20_H3N2%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.properties(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%22height%22%3A%20alt.Step(11)%2C%20%22width%22%3A%20facet_size%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20facet_orientation%20%3D%3D%20%22vertical%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%20%7B%22width%22%3A%20alt.Step(11)%2C%20%22height%22%3A%20facet_size%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20dummy%20chart%20to%20bind%20the%20selectable%20legend%20for%20serum%20group%0A%20%20%20%20dummy_group_chart%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(pd.DataFrame(%7B%22group%22%3A%20groups%7D))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.add_params(group_selection)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_point(opacity%3D0)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3Dalt.Fill(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22group%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22serum%20group%20(click%20to%20select)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(domain%3Dgroups%2C%20range%3D%5B%22gray%22%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend%3Dalt.Legend(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20symbolStrokeColor%3D%22black%22%2C%20symbolOpacity%3D1%2C%20columns%3D6%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.properties(width%3D1%2C%20height%3D1)%20%20%23%20tiny%20plot%3B%20legend%20renders%20outside%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20because%20of%20scoping%20issues%20when%20layering%20and%20faceting%20charts%20with%0A%20%20%20%20%23%20transform_lookups%20(faceting%20must%20be%20done%20before%20lookups)%2C%20we%20add%0A%20%20%20%20%23%20this%20function%20to%20do%20the%20faceting%20and%20lookups%0A%20%20%20%20def%20facet_and_add_lookups(chart)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20chart%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20facet%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.facet(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22column%22%20if%20facet_orientation%20%3D%3D%20%22vertical%22%20else%20%22row%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%3A%20alt.Column(%22group_n%3AN%22%2C%20title%3DNone)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20lookup%20additional%20data%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_lookup(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lookup%3D%22serum%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20from_%3Dalt.LookupData(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data%3Dmetadata%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20key%3D%22serum%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fields%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22group%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22collection_date_string%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22age_string%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22age_years%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22sex%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_lookup(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lookup%3D%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20from_%3Dalt.LookupData(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data%3Dviruses%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20key%3D%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fields%3D%5B%22subtype%22%2C%20%22strain_type%22%2C%20%22subclade%22%2C%20%22color_prop%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20trick%20to%20make%20a%20new%20variable%20with%20all%20groups%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_calculate(facet_with_all%3D%22%5Bdatum.group%2C%20'All'%5D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_flatten(%5B%22facet_with_all%22%5D%2C%20as_%3D%5B%22group%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20filter%20by%20property%20used%20to%20color%20strain%20labels%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(color_prop_selection)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20filter%20by%20group%20and%20age%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(group_selection)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(alt.datum%5B%22age_years%22%5D%20%3E%3D%20min_age_slider)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(alt.datum%5B%22age_years%22%5D%20%3C%3D%20max_age_slider)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20make%20facet%20labels%20w%20n%20per%20group%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_joinaggregate(n_per_group%3D%22distinct(serum)%22%2C%20groupby%3D%5B%22group%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_calculate(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20group_n%3D%22datum.group%20%2B%20'%20(n%3D'%20%2B%20datum.n_per_group%20%2B%20')'%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color_prop_selection%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dummy_group_chart%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20facet_and_add_lookups%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20facet_orientation%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20serum_selection%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20titer_encoding%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20titers_base_nolookup%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20virus_selection%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20human_sera_plots_params%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20set%20titer%20scale%0A%20%20%20%20titer_lower_limit%20%3D%20human_sera_plots_params%5B%22titer_lower_limit%22%5D%0A%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22Using%20%7Btiter_lower_limit%3D%7D%22))%0A%20%20%20%20titer_scale%20%3D%20alt.Scale(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20type%3D%22log%22%2C%20nice%3DFalse%2C%20domainMin%3Dtiter_lower_limit%2C%20padding%3D4%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20titer_lower_limit%2C%20titer_scale%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20titer_encoding%2C%20titer_scale%2C%20titers_base_nolookup%2C%20virus_selection)%3A%0A%20%20%20%20%23%20make%20median%20titer%20point%20chart%0A%20%20%20%20median_points%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20titers_base_nolookup.transform_aggregate(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20median_titer%3D%22median(titer)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20groupby%3D%5B%22virus%22%2C%20%22subtype%22%2C%20%22strain_type%22%2C%20%22subclade%22%2C%20%22group%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titer_encoding%3A%20alt.X(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22median_titer%3AQ%22%2C%20title%3D%22titer%22%2C%20scale%3Dtiter_scale%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22median_titer%3AQ%22%2C%20format%3D%22.1f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22strain_type%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22subclade%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Dalt.condition(virus_selection%2C%20alt.value(%22red%22)%2C%20alt.value(%22black%22))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20size%3Dalt.condition(virus_selection%2C%20alt.value(80)%2C%20alt.value(40))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_circle(opacity%3D1)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20facet_and_add_lookups(median_points)%0A%20%20%20%20return%20(median_points%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20serum_selection%2C%20titer_encoding%2C%20titer_scale%2C%20titers_base_nolookup)%3A%0A%20%20%20%20%23%20make%20per-serum%20lines%0A%20%20%20%20serum_lines%20%3D%20titers_base_nolookup.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**%7Btiter_encoding%3A%20alt.X(%22titer%22%2C%20scale%3Dtiter_scale)%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20detail%3Dalt.Detail(%22serum%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22serum%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22titer%22%2C%20format%3D%22.1f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22collection_date_string%3AN%22%2C%20title%3D%22serum%20date%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22age_string%3AN%22%2C%20title%3D%22age%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22sex%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20size%3Dalt.condition(serum_selection%2C%20alt.value(3)%2C%20alt.value(1.5))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20opacity%3Dalt.condition(serum_selection%2C%20alt.value(1)%2C%20alt.value(0.2))%2C%0A%20%20%20%20).mark_line()%0A%0A%20%20%20%20%23%20facet_and_add_lookups(serum_lines%20%2B%20median_points)%0A%20%20%20%20return%20(serum_lines%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20titer_encoding%2C%20titer_scale%2C%20titers_base_nolookup)%3A%0A%20%20%20%20%23%20make%20interquartile%20range%20chart%0A%0A%20%20%20%20interquartile_range%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20titers_base_nolookup.transform_joinaggregate(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20median_titer%3D%22median(titer)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titer_q1%3D%22q1(titer)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titer_q3%3D%22q3(titer)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20groupby%3D%5B%22virus%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**%7Btiter_encoding%3A%20alt.X(%22titer%22%2C%20scale%3Dtiter_scale)%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22median_titer%3AQ%22%2C%20format%3D%22.1f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22titer_q1%3AQ%22%2C%20format%3D%22.1f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22titer_q3%3AQ%22%2C%20format%3D%22.1f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22strain_type%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22subclade%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_errorband(extent%3D%22iqr%22%2C%20opacity%3D0.5%2C%20interpolate%3D%22linear%22)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20facet_and_add_lookups(interquartile_range%20%2B%20median_points)%0A%20%20%20%20return%20(interquartile_range%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20alt%2C%0A%20%20%20%20human_sera_plots_params%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20titer_encoding%2C%0A%20%20%20%20titer_lower_limit%2C%0A%20%20%20%20titers_base_nolookup%2C%0A%20%20%20%20virus_selection%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20make%20fraction%20below%20titer%20cutoff%20chart%0A%0A%20%20%20%20titer_cutoff%20%3D%20human_sera_plots_params%5B%22titer_cutoff%22%5D%0A%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22Setting%20initial%20%7Btiter_cutoff%3D%7D%22))%0A%0A%20%20%20%20titer_cutoff_slider%20%3D%20alt.param(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dtiter_cutoff%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bind%3Dalt.binding_range(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20min%3Dtiter_lower_limit%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max%3D1000%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%3D%22fraction%20sera%20below%20this%20cutoff%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20make%20titer%20cutoff%20chart%0A%20%20%20%20frac_below_cutoff%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20titers_base_nolookup.add_params(titer_cutoff_slider)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_calculate(below_cutoff%3Dalt.datum%5B%22titer%22%5D%20%3C%20titer_cutoff_slider)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_aggregate(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_below_cutoff%3D%22sum(below_cutoff)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_total%3D%22distinct(serum)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20groupby%3D%5B%22virus%22%2C%20%22subtype%22%2C%20%22strain_type%22%2C%20%22subclade%22%2C%20%22group%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_calculate(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20frac_below_cutoff%3Dalt.datum%5B%22n_below_cutoff%22%5D%20%2F%20alt.datum%5B%22n_total%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titer_encoding%3A%20alt.X(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22frac_below_cutoff%3AQ%22%2C%20title%3D%22fraction%20below%20cutoff%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22frac_below_cutoff%3AQ%22%2C%20format%3D%22.2f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22strain_type%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22subclade%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Dalt.condition(virus_selection%2C%20alt.value(%22red%22)%2C%20alt.value(%22black%22))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_bar(opacity%3D0.8)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20facet_and_add_lookups(frac_below_cutoff)%0A%20%20%20%20return%20frac_below_cutoff%2C%20titer_cutoff%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20alt%2C%0A%20%20%20%20chart_htmls%2C%0A%20%20%20%20circulating_strain_type%2C%0A%20%20%20%20color_prop_selection%2C%0A%20%20%20%20dummy_group_chart%2C%0A%20%20%20%20facet_and_add_lookups%2C%0A%20%20%20%20facet_orientation%2C%0A%20%20%20%20frac_below_cutoff%2C%0A%20%20%20%20interquartile_range%2C%0A%20%20%20%20itertools%2C%0A%20%20%20%20median_points%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20serum_lines%2C%0A%20%20%20%20strain_color_prop%2C%0A%20%20%20%20viruses%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20made_chart%20%3D%20%7Bc%3A%20False%20for%20c%20in%20chart_htmls%7D%0A%0A%20%20%20%20for%20_subtype%2C%20strain_type%2C%20(chart_obj%2C%20chart_desc%2C%20title)%20in%20itertools.product(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20viruses%5B%22subtype%22%5D.unique()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%22recent%22%2C%20%22vaccine%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20serum_lines%20%2B%20median_points%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22individual_sera%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22median%20(points)%20and%20per-serum%20(lines)%20titers%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20interquartile_range%20%2B%20median_points%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22interquartile_range%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22median%20(points)%20and%20interquartile%20range%20titers%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20frac_below_cutoff%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22frac_below_cutoff%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22fraction%20sera%20below%20titer%20cutoff%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filesuffix%20%3D%20f%22%7B_subtype%7D_%7Bstrain_type%7D_%7Bchart_desc%7D.html%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filename%20%3D%20%5Bc%20for%20c%20in%20chart_htmls%20if%20filesuffix%20in%20c%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20assert%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20len(filename)%20%3D%3D%201%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%20f%22did%20not%20find%20one%20filesuffix%3D%7Bfilesuffix!r%7D%20in%20chart_htmls%3D%7Bchart_htmls!r%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filename%20%3D%20filename%5B0%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20strain%20types%20to%20plot%0A%20%20%20%20%20%20%20%20strain_types%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22recent%22%3A%20%5Bcirculating_strain_type%2C%20%22recent_vaccine%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22vaccine%22%3A%20%5B%22vaccine%22%2C%20%22recent_vaccine%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%5Bstrain_type%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20----%20Make%20the%20legend%20for%20the%20colored%20strain%20labels%20------------------------%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20viruses%20plotted%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plotted_viruses%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20viruses%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(viruses%5B%22subtype%22%5D%20%3D%3D%20_subtype)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%26%20(viruses%5B%22strain_type%22%5D.isin(strain_types))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%5B%22virus%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.unique()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20get%20the%20virus%20colors%20plotted%20for%20the%20labels%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plotted_colors%20%3D%20strain_color_prop.query(%22virus%20in%20%40plotted_viruses%22)%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%22color_prop%22%2C%20%22color%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D.drop_duplicates()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label_color_legend%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(plotted_colors)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.add_params(color_prop_selection)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_point(opacity%3D0)%20%20%23%20invisible%20mark%3B%20we%20just%20want%20the%20legend%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3Dalt.Fill(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22color_prop%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22virus%20type%20(click%20to%20select)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20domain%3Dlist(reversed(plotted_colors%5B%22color_prop%22%5D.tolist()))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20range%3Dlist(reversed(plotted_colors%5B%22color%22%5D.tolist()))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend%3Dalt.Legend(symbolType%3D%22square%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.properties(width%3D1%2C%20height%3D1)%20%20%23%20tiny%20plot%3B%20legend%20renders%20outside%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20----%20Finished%20making%20the%20legend%20for%20the%20colored%20strain%20labels%20---------------------%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chart%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.vconcat(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20facet_and_add_lookups(chart_obj)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(alt.datum%5B%22subtype%22%5D%20%3D%3D%20_subtype)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.FieldOneOfPredicate(%22strain_type%22%2C%20strain_types)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label_color_legend%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dummy_group_chart%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20spacing%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.resolve_scale(fill%3D%22independent%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_axis(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20grid%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titleFontWeight%3D%22normal%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titleFontSize%3D13%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelOverlap%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_header(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3DNone%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelOrient%3D%22top%22%20if%20facet_orientation%20%3D%3D%20%22vertical%22%20else%20%22right%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelFontSize%3D13%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelPadding%3D2%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_view(stroke%3D%22black%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_facet(spacing%3D8)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_legend(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelFontSize%3D12%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titleFontSize%3D13%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20symbolStrokeWidth%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20symbolOpacity%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20symbolStrokeColor%3D%22black%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20columns%3D12%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20orient%3D%22bottom%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.properties(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Dalt.TitleParams(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7Btitle%7D%20for%20%7B_subtype%7D%20%7Bstrain_type%7D%20strains%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20anchor%3D%22middle%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fontSize%3D13%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20any(made_chart.values())%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22Displaying%20just%20the%20first%20chart%20here%20(since%20they%20are%20large).%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(chart)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22Saving%20to%20filename%3D%7Bfilename!r%7D%5Cn%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chart.save(filename)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20made_chart%5Bfilename%5D%20%3D%20True%0A%0A%20%20%20%20assert%20all(made_chart.values())%2C%20f%22made_chart%3D%7Bmade_chart!r%7D%22%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Make%20data%20frame%20%2F%20CSV%20of%20summarized%20titers%0A%20%20%20%20The%20above%20plots%20summarize%20the%20per-virus%20titers%20with%20several%20statistics%3A%20medians%2C%20interquartile%20range%2C%20and%20fraction%20below%20cutoff.%0A%20%20%20%20Here%20we%20make%20and%20write%20a%20data%20frame%20with%20these%20summarized%20values.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20pd%2C%20summarized_titers_csv%2C%20titer_cutoff%2C%20titers%2C%20viruses)%3A%0A%20%20%20%20summarized_titers%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pd.concat(%5Btiters.assign(group%3D%22All%22)%2C%20titers%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.merge(viruses%2C%20on%3D%5B%22virus%22%5D%2C%20how%3D%22left%22%2C%20validate%3D%22many_to_one%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%22subtype%22%2C%20%22strain_type%22%2C%20%22subclade%22%2C%20%22virus%22%2C%20%22group%22%5D%2C%20as_index%3DFalse%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.aggregate(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20median_titer%3Dpd.NamedAgg(%22titer%22%2C%20%22median%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titer_q1%3Dpd.NamedAgg(%22titer%22%2C%20lambda%20s%3A%20s.quantile(0.25))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titer_q3%3Dpd.NamedAgg(%22titer%22%2C%20lambda%20s%3A%20s.quantile(0.75))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20frac_below_cutoff%3Dpd.NamedAgg(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22titer%22%2C%20lambda%20s%3A%20(s%20%3C%20titer_cutoff).sum()%20%2F%20len(s)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.rename(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20columns%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22frac_below_cutoff%22%3A%20f%22frac_w_titer_below_%7Btiter_cutoff%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22group%22%3A%20%22serum_group%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22Saving%20summarized%20titers%20to%20%7Bsummarized_titers_csv%3D%7D%22))%0A%20%20%20%20summarized_titers.to_csv(summarized_titers_csv%2C%20float_format%3D%22%25.3f%22%2C%20index%3DFalse)%0A%0A%20%20%20%20mo.output.append(summarized_titers)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A