plot titer summaries

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.17.6%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22full%22)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Titer%20summary%20plots%0A%0A%20%20%20%20Interactive%20Altair%20plots%20showing%20median%20titers%2C%20individual%20serum%20titers%2C%0A%20%20%20%20interquartile%20ranges%2C%20and%20fraction%20of%20sera%20below%20titer%20cutoffs.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23%20Load%20context%20from%20pickled%20file.%0A%20%20%20%20%23%0A%20%20%20%20%23%20This%20cell%20supports%20multiple%20ways%20to%20provide%20context%3A%0A%20%20%20%20%23%201.%20Via%20command-line%3A%20marimo%20export%20html%20notebook.py%20--%20--context-pickle%20path%2Fto%2Fcontext.pickle%0A%20%20%20%20%23%202.%20Via%20saved%20pickle%3A%20Manually%20save%20a%20context%20pickle%20to%20a%20dev%20location%0A%20%20%20%20%23%203.%20Stub%20context%3A%20If%20no%20pickle%20available%2C%20creates%20minimal%20empty%20context%20for%20exploration%0A%20%20%20%20%23%0A%20%20%20%20%23%20For%20interactive%20development%20with%20%60marimo%20edit%60%2C%20you%20can%3A%0A%20%20%20%20%23%20-%20Run%20the%20pipeline%20once%20to%20generate%20a%20real%20context%20pickle%2C%20then%20copy%20it%20to%20a%20dev%20location%0A%20%20%20%20%23%20-%20Or%20work%20with%20the%20stub%20context%20(downstream%20cells%20will%20show%20warnings%2Fempty%20data)%0A%0A%20%20%20%20import%20argparse%0A%20%20%20%20import%20os%0A%20%20%20%20import%20pathlib%0A%20%20%20%20import%20pickle%0A%20%20%20%20import%20sys%0A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%0A%20%20%20%20%23%20Check%20if%20context-pickle%20argument%20is%20provided%20(run%20by%20driver%20script)%0A%20%20%20%20from_cmdline%20%3D%20%22--context-pickle%22%20in%20sys.argv%0A%0A%20%20%20%20if%20from_cmdline%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Running%20via%20driver%20script%20-%20parse%20args%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(%22Loading%20context%20from%20command-line%20argument%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20p%20%3D%20argparse.ArgumentParser()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20p.add_argument(%22--context-pickle%22%2C%20required%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20args%20%3D%20p.parse_args()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20context_pickle_path%20%3D%20pathlib.Path(args.context_pickle)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Running%20in%20marimo%20edit%20-%20try%20to%20use%20development%20pickle%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(%22Running%20in%20marimo%20edit%20mode%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20set%20%60context_pickle_path%60%20to%20valid%20pickle%20if%20running%20via%20marimo%20edit%0A%20%20%20%20%20%20%20%20context_pickle_path%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20context_pickle_path%20%3D%20pathlib.Path(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22results%2Ftiter_plots%2Fhuman_plot_titer_summaries_vertical_context.pickle%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Load%20context%20if%20pickle%20path%20exists%20and%20is%20valid%0A%20%20%20%20if%20context_pickle_path%20and%20context_pickle_path.exists()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Reading%20context%20from%20%7Bcontext_pickle_path%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20open(context_pickle_path%2C%20%22rb%22)%20as%20f_context%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20context%20%3D%20pickle.load(f_context)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Handle%20working%20directory%0A%20%20%20%20%20%20%20%20context_workdir%20%3D%20context%5B%22workdir%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20current_workdir%20%3D%20os.getcwd()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20from_cmdline%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Running%20via%20snakemake%20-%20verify%20workdir%20matches%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20context_workdir%20!%3D%20current_workdir%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20RuntimeError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Context%20workdir%20mismatch!%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20Context%20was%20created%20in%3A%20%7Bcontext_workdir%7D%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20Currently%20running%20in%3A%20%20%20%7Bcurrent_workdir%7D%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22This%20should%20not%20happen%20when%20running%20via%20Snakemake.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Verified%20working%20directory%3A%20%7Bcurrent_workdir%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Running%20in%20marimo%20edit%20-%20change%20to%20context%20workdir%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20context_workdir%20and%20context_workdir%20!%3D%20current_workdir%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Changing%20directory%20from%20%7Bcurrent_workdir%7D%20to%20%7Bcontext_workdir%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20os.chdir(context_workdir)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20context_workdir%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Already%20in%20correct%20working%20directory%3A%20%7Bcontext_workdir%7D%22)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Create%20a%20minimal%20stub%20context%20for%20interactive%20development%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(%22Creating%20minimal%20stub%20context%20that%20you%20need%20to%20complete%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20context%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22input%22%3A%20%7B%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22output%22%3A%20%7B%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22params%22%3A%20%7B%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22wildcards%22%3A%20%7B%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22threads%22%3A%201%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22resources%22%3A%20%7B%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20return%20context%2C%20mo%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Read%20data%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20itertools%0A%20%20%20%20import%20json%0A%0A%20%20%20%20import%20altair%20as%20alt%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%0A%20%20%20%20_%20%3D%20alt.data_transformers.disable_max_rows()%0A%20%20%20%20return%20alt%2C%20itertools%2C%20json%2C%20pd%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(context)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Extract%20variables%20from%20context%20-%20raises%20KeyError%20if%20required%20keys%20missing%0A%20%20%20%20titers_csv%20%3D%20context%5B%22input%22%5D%5B%22titers_csv%22%5D%0A%20%20%20%20sera_csv%20%3D%20context%5B%22input%22%5D%5B%22sera_csv%22%5D%0A%20%20%20%20sera_multicohort_csv%20%3D%20context%5B%22input%22%5D%5B%22sera_multicohort_csv%22%5D%0A%20%20%20%20viruses_csv%20%3D%20context%5B%22input%22%5D%5B%22viruses_csv%22%5D%0A%20%20%20%20recent_vaccine_strains%20%3D%20context%5B%22params%22%5D%5B%22recent_vaccine_strains%22%5D%0A%20%20%20%20circulating_strain_type%20%3D%20context%5B%22params%22%5D%5B%22circulating_strain_type%22%5D%0A%20%20%20%20plot_titer_summaries_params%20%3D%20context%5B%22params%22%5D%5B%22plot_titer_summaries_params%22%5D%0A%20%20%20%20subtypes%20%3D%20context%5B%22params%22%5D%5B%22subtypes%22%5D%0A%20%20%20%20facet_orientation%20%3D%20context%5B%22params%22%5D%5B%22facet_orientation%22%5D%0A%20%20%20%20chart_htmls%20%3D%20context%5B%22output%22%5D%5B%22chart_htmls%22%5D%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chart_htmls%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20circulating_strain_type%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20facet_orientation%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plot_titer_summaries_params%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20recent_vaccine_strains%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sera_csv%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sera_multicohort_csv%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20subtypes%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20titers_csv%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20viruses_csv%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20circulating_strain_type%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20recent_vaccine_strains%2C%0A%20%20%20%20sera_csv%2C%0A%20%20%20%20sera_multicohort_csv%2C%0A%20%20%20%20subtypes%2C%0A%20%20%20%20titers_csv%2C%0A%20%20%20%20viruses_csv%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Read%20titers%0A%20%20%20%20titers%20%3D%20pd.read_csv(titers_csv)%0A%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22Read%20%7Blen(titers)%3D%7D%20titers%20from%20%7Btiters_csv%3D%7D%22))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Validate%20required%20columns%20in%20titers%0A%20%20%20%20required_titer_cols%20%3D%20%7B%22serum%22%2C%20%22virus%22%2C%20%22titer%22%7D%0A%20%20%20%20missing_titer_cols%20%3D%20required_titer_cols%20-%20set(titers.columns)%0A%20%20%20%20if%20missing_titer_cols%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(f%22titers_csv%20missing%20required%20columns%3A%20%7Bmissing_titer_cols%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Read%20sera%20metadata%20(one%20row%20per%20serum)%0A%20%20%20%20metadata%20%3D%20pd.read_csv(sera_csv)%0A%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22%5CnRead%20%7Blen(metadata)%3D%7D%20sera%20from%20%7Bsera_csv%3D%7D%22))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Validate%20required%20columns%20in%20sera%20metadata%0A%20%20%20%20required_sera_cols%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22serum%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22cohort%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22age_numeric%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22serum_collection_date%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22age%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22sex%22%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20missing_sera_cols%20%3D%20required_sera_cols%20-%20set(metadata.columns)%0A%20%20%20%20if%20missing_sera_cols%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(f%22sera_csv%20missing%20required%20columns%3A%20%7Bmissing_sera_cols%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Validate%20sera%20match%20between%20titers%20and%20metadata%0A%20%20%20%20titers_sera%20%3D%20set(titers%5B%22serum%22%5D)%0A%20%20%20%20metadata_sera%20%3D%20set(metadata%5B%22serum%22%5D)%0A%20%20%20%20if%20titers_sera%20!%3D%20metadata_sera%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Serum%20mismatch%20between%20titers%20and%20sera%20metadata.%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20In%20titers%20but%20not%20metadata%3A%20%7Btiters_sera%20-%20metadata_sera%7D%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20In%20metadata%20but%20not%20titers%3A%20%7Bmetadata_sera%20-%20titers_sera%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Read%20sera%20multicohort%20(multiple%20rows%20per%20serum%2C%20one%20per%20cohort%20assignment)%0A%20%20%20%20sera_multicohort%20%3D%20pd.read_csv(sera_multicohort_csv)%0A%20%20%20%20mo.output.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%5CnRead%20%7Blen(sera_multicohort)%3D%7D%20rows%20from%20%7Bsera_multicohort_csv%3D%7D%22)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Validate%20sera%20match%20between%20titers%20and%20multicohort%0A%20%20%20%20multicohort_sera%20%3D%20set(sera_multicohort%5B%22serum%22%5D)%0A%20%20%20%20if%20titers_sera%20!%3D%20multicohort_sera%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Serum%20mismatch%20between%20titers%20and%20sera_multicohort.%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20In%20titers%20but%20not%20multicohort%3A%20%7Btiters_sera%20-%20multicohort_sera%7D%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20In%20multicohort%20but%20not%20titers%3A%20%7Bmulticohort_sera%20-%20titers_sera%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Validate%20%22All%22%20cohort%20exists%20in%20multicohort%0A%20%20%20%20if%20%22All%22%20not%20in%20sera_multicohort%5B%22cohort%22%5D.values%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Expected%20'All'%20cohort%20in%20sera_multicohort%20but%20not%20found.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Available%20cohorts%3A%20%7Bsera_multicohort%5B'cohort'%5D.unique().tolist()%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Get%20list%20of%20all%20cohorts%20(for%20legend)%2C%20with%20%22All%22%20first%0A%20%20%20%20all_cohorts%20%3D%20sera_multicohort%5B%22cohort%22%5D.unique().tolist()%0A%20%20%20%20all_cohorts%20%3D%20%5B%22All%22%5D%20%2B%20sorted(%5Bc%20for%20c%20in%20all_cohorts%20if%20c%20!%3D%20%22All%22%5D)%0A%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22%5CnCohorts%3A%20%7Ball_cohorts%7D%22))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Aggregate%20cohorts%20into%20a%20list%20per%20serum%20and%20add%20to%20metadata%0A%20%20%20%20cohorts_per_serum%20%3D%20sera_multicohort.groupby(%22serum%22)%5B%22cohort%22%5D.apply(list)%0A%20%20%20%20metadata%20%3D%20metadata.merge(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cohorts_per_serum.rename(%22cohorts%22).reset_index()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on%3D%22serum%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20how%3D%22left%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20sera_missing_cohorts%20%3D%20metadata.loc%5Bmetadata%5B%22cohorts%22%5D.isna()%2C%20%22serum%22%5D.tolist()%0A%20%20%20%20if%20sera_missing_cohorts%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Some%20sera%20missing%20cohort%20assignments%3A%20%7Bsera_missing_cohorts%5B%3A10%5D%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%2B%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20(and%20%7Blen(sera_missing_cohorts)%20-%2010%7D%20more)%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(sera_missing_cohorts)%20%3E%2010%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Read%20viruses%0A%20%20%20%20viruses%20%3D%20pd.read_csv(viruses_csv)%0A%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22%5CnRead%20%7Blen(viruses)%3D%7D%20viruses%20from%20%7Bviruses_csv%3D%7D%22))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Validate%20required%20columns%20in%20viruses%0A%20%20%20%20required_virus_cols%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22subtype%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22strain_type%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22subclade%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22derived_haplotype%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22vaccine_type%22%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20missing_virus_cols%20%3D%20required_virus_cols%20-%20set(viruses.columns)%0A%20%20%20%20if%20missing_virus_cols%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(f%22viruses_csv%20missing%20required%20columns%3A%20%7Bmissing_virus_cols%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Validate%20recent_vaccine_strains%20are%20in%20viruses%0A%20%20%20%20missing_vaccine_strains%20%3D%20set(recent_vaccine_strains)%20-%20set(viruses%5B%22virus%22%5D)%0A%20%20%20%20if%20missing_vaccine_strains%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22recent_vaccine_strains%20not%20in%20viruses%3A%20%7Bmissing_vaccine_strains%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Validate%20strain_type%20values%0A%20%20%20%20valid_strain_types%20%3D%20%7Bcirculating_strain_type%2C%20%22vaccine%22%7D%0A%20%20%20%20invalid_strain_types%20%3D%20set(viruses%5B%22strain_type%22%5D)%20-%20valid_strain_types%0A%20%20%20%20if%20invalid_strain_types%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Invalid%20strain_type%20values%3A%20%7Binvalid_strain_types%7D.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Expected%3A%20%7Bvalid_strain_types%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Mark%20recent%20vaccine%20strains%20as%20%22recent_vaccine%22%20strain_type%0A%20%20%20%20viruses%5B%22strain_type%22%5D%20%3D%20viruses%5B%22strain_type%22%5D.where(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20~viruses%5B%22virus%22%5D.isin(recent_vaccine_strains)%2C%20%22recent_vaccine%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Validate%20subtypes%20param%20matches%20virus%20data%0A%20%20%20%20data_subtypes%20%3D%20set(viruses%5B%22subtype%22%5D.unique())%0A%20%20%20%20param_subtypes%20%3D%20set(subtypes)%0A%20%20%20%20if%20not%20param_subtypes.issubset(data_subtypes)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22subtypes%20param%20%7Bparam_subtypes%7D%20not%20all%20in%20viruses%20data.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Available%20subtypes%3A%20%7Bdata_subtypes%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Compute%20strain%20plot%20order%3A%20sort%20by%20subclade%20then%20alphabetically%0A%20%20%20%20%23%20Strains%20without%20subclade%20(vaccine%20strains)%20sort%20to%20end%0A%20%20%20%20viruses_sorted%20%3D%20viruses.sort_values(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20by%3D%5B%22subclade%22%2C%20%22virus%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20key%3Dlambda%20col%3A%20col.fillna(%22zzz%22)%20if%20col.name%20%3D%3D%20%22subclade%22%20else%20col%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20viral_strain_plot_order%20%3D%20viruses_sorted%5B%22virus%22%5D.tolist()%0A%20%20%20%20assert%20set(viruses%5B%22virus%22%5D)%20%3D%3D%20set(viral_strain_plot_order)%0A%20%20%20%20mo.output.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%5CnComputed%20strain%20plot%20order%3A%20%7Blen(viral_strain_plot_order)%7D%20viruses%22)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20all_cohorts%2C%20metadata%2C%20titers%2C%20viral_strain_plot_order%2C%20viruses%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Plot%20all%20the%20titers%0A%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Assign%20label%20colors%20by%20subclade%20%2F%20vaccine%20type%0A%20%20%20%20Define%20color%20mapping%20from%20subclade%20(circulating%20strains)%20or%20vaccine%20type%20(vaccine%20strains)%20to%20colors%20for%20label%20coloring%2C%20then%20create%20an%20expression%20that%20can%20be%20passed%20to%20%60altair%60%20*labelColor*%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20circulating_strain_type%2C%0A%20%20%20%20json%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20plot_titer_summaries_params%2C%0A%20%20%20%20viral_strain_plot_order%2C%0A%20%20%20%20viruses%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20strain_color_prop%20%3D%20viruses.assign(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20strain%3Dlambda%20x%3A%20pd.Categorical(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%5B%22virus%22%5D%2C%20viral_strain_plot_order%2C%20ordered%3DTrue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color_prop%3Dlambda%20x%3A%20x%5B%22subclade%22%5D.where(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%5B%22strain_type%22%5D%20%3D%3D%20circulating_strain_type%2C%20x%5B%22vaccine_type%22%5D%20%2B%20%22%20vaccine%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20).sort_values(%22strain%22)%0A%0A%20%20%20%20assert%20strain_color_prop%5B%22color_prop%22%5D.notnull().all()%0A%20%20%20%20assert%20set(viruses%5B%22virus%22%5D)%20%3D%3D%20set(strain_color_prop%5B%22strain%22%5D)%0A%0A%20%20%20%20viruses%5B%22color_prop%22%5D%20%3D%20viruses%5B%22virus%22%5D.map(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20strain_color_prop.set_index(%22strain%22)%5B%22color_prop%22%5D.to_dict()%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20prop_colors%20%3D%20dict(plot_titer_summaries_params%5B%22prop_colors%22%5D)%0A%0A%20%20%20%20other_prop_colors%20%3D%20plot_titer_summaries_params%5B%22other_prop_colors%22%5D%0A%0A%20%20%20%20for%20_subtype%20in%20strain_color_prop%5B%22subtype%22%5D.unique()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20subtype_color_props%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20strain_color_prop%5Bstrain_color_prop%5B%22subtype%22%5D%20%3D%3D%20_subtype%5D%5B%22color_prop%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.unique()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.tolist()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20props_not_yet_colored%20%3D%20%5Bp%20for%20p%20in%20subtype_color_props%20if%20p%20not%20in%20prop_colors%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(props_not_yet_colored)%20%3E%20len(other_prop_colors)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22props_not_yet_colored%3D%7Bprops_not_yet_colored!r%7D%20longer%20than%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22other_prop_colors%3D%7Bother_prop_colors!r%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20prop_colors.update(dict(zip(props_not_yet_colored%2C%20other_prop_colors)))%0A%0A%20%20%20%20mo.output.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pd.Series(prop_colors).rename(%22color%22).rename_axis(%22property%22).to_frame()%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20assert%20set(strain_color_prop%5B%22color_prop%22%5D).issubset(prop_colors)%0A%0A%20%20%20%20strain_color_prop%20%3D%20strain_color_prop.assign(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Dlambda%20x%3A%20x%5B%22color_prop%22%5D.map(prop_colors)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20color_mapping%20%3D%20strain_color_prop.set_index(%22virus%22)%5B%22color%22%5D.to_dict()%0A%0A%20%20%20%20%23%20make%20a%20different%20color%20map%20for%20each%20subtype%20as%20they%20are%20plotted%20separately%0A%20%20%20%20labelColor_expr%20%3D%20f%22(%7Bjson.dumps(color_mapping)%7D)%5Bdatum.label%5D%20%7C%7C%20'black'%22%0A%0A%20%20%20%20%23%20Create%20label%20mapping%3A%20derived_haplotype%20if%20exists%2C%20else%20strain%20(without%20subtype%20suffix)%0A%20%20%20%20label_mapping%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20row%5B%22virus%22%5D%3A%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20row%5B%22derived_haplotype%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20pd.notna(row%5B%22derived_haplotype%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%20row%5B%22virus%22%5D.rsplit(%22_%22%2C%201)%5B0%5D%20%20%23%20remove%20_H1N1%20or%20_H3N2%20suffix%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_%2C%20row%20in%20viruses.iterrows()%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20labelText_expr%20%3D%20f%22(%7Bjson.dumps(label_mapping)%7D)%5Bdatum.label%5D%20%7C%7C%20datum.label%22%0A%20%20%20%20return%20labelColor_expr%2C%20labelText_expr%2C%20strain_color_prop%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Now%20make%20nicely%20formatted%20charts%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20all_cohorts%2C%0A%20%20%20%20alt%2C%0A%20%20%20%20facet_orientation%2C%0A%20%20%20%20labelColor_expr%2C%0A%20%20%20%20labelText_expr%2C%0A%20%20%20%20metadata%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20plot_titer_summaries_params%2C%0A%20%20%20%20titers%2C%0A%20%20%20%20viral_strain_plot_order%2C%0A%20%20%20%20viruses%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20First%20set%20up%20the%20base%20chart%20and%20selections%0A%0A%20%20%20%20facet_size%20%3D%20plot_titer_summaries_params%5B%22facet_size%22%5D%0A%20%20%20%20if%20facet_orientation%20not%20in%20%7B%22vertical%22%2C%20%22horizontal%22%7D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22facet_orientation%20must%20be%20'vertical'%20or%20'horizontal'%2C%20got%20%7Bfacet_orientation!r%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20titer_encoding%20%3D%20%22x%22%20if%20facet_orientation%20%3D%3D%20%22vertical%22%20else%20%22y%22%0A%0A%20%20%20%20%23%20Validate%20no%20duplicate%20serum-virus%20pairs%20in%20titers%0A%20%20%20%20duplicate_pairs%20%3D%20titers.groupby(%5B%22serum%22%2C%20%22virus%22%5D).size()%0A%20%20%20%20duplicate_pairs%20%3D%20duplicate_pairs%5Bduplicate_pairs%20%3E%201%5D%0A%20%20%20%20if%20len(duplicate_pairs)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Found%20%7Blen(duplicate_pairs)%7D%20duplicate%20serum-virus%20pairs%20in%20titers%3A%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7Bduplicate_pairs.head(10).to_string()%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Validate%20each%20virus%20has%20unique%20subtype%20and%20strain_type%0A%20%20%20%20virus_groups%20%3D%20viruses.groupby(%22virus%22)%5B%5B%22subtype%22%2C%20%22strain_type%22%5D%5D.nunique()%0A%20%20%20%20inconsistent%20%3D%20virus_groups%5B(virus_groups%20%3E%201).any(axis%3D1)%5D%0A%20%20%20%20if%20len(inconsistent)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Found%20viruses%20with%20inconsistent%20subtype%2Fstrain_type%3A%5Cn%7Binconsistent%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22Plotting%20cohorts%3D%7Ball_cohorts%7D%20with%20%7Bfacet_orientation%3D%7D%22))%0A%0A%20%20%20%20virus_selection%20%3D%20alt.selection_point(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fields%3D%5B%22virus%22%5D%2C%20on%3D%22mouseover%22%2C%20empty%3DFalse%2C%20clear%3D%22mouseout%22%2C%20nearest%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20serum_selection%20%3D%20alt.selection_point(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fields%3D%5B%22serum%22%5D%2C%20on%3D%22mouseover%22%2C%20empty%3DFalse%2C%20clear%3D%22mouseout%22%2C%20nearest%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20cohort_selection%20%3D%20alt.selection_point(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fields%3D%5B%22cohort%22%5D%2C%20bind%3D%22legend%22%2C%20empty%3D%22all%22%2C%20toggle%3D%22true%22%2C%20clear%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20select%20by%20color%20used%20to%20color%20strain%20labels%0A%20%20%20%20color_prop_selection%20%3D%20alt.selection_point(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fields%3D%5B%22color_prop%22%5D%2C%20bind%3D%22legend%22%2C%20empty%3D%22all%22%2C%20toggle%3D%22true%22%2C%20clear%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20max_age%20%3D%205%20*%20int(metadata%5B%22age_numeric%22%5D.max()%20%2F%2F%205)%20%2B%205%0A%20%20%20%20assert%20all(metadata%5B%22age_numeric%22%5D%20%3C%3D%20max_age)%0A%20%20%20%20min_age_slider%20%3D%20alt.param(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bind%3Dalt.binding_range(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20min%3D0%2C%20max%3Dmax_age%2C%20step%3D5%2C%20name%3D%22minimum%20subject%20age%20(years)%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20max_age_slider%20%3D%20alt.param(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dmax_age%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bind%3Dalt.binding_range(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20min%3D0%2C%20max%3Dmax_age%2C%20step%3D5%2C%20name%3D%22maximum%20subject%20age%20(years)%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20make%20the%20chart%20base%2C%20using%20transform_lookup%20to%20make%20it%20as%20small%20as%20possible%0A%20%20%20%20%23%20by%20looking%20up%20serum-specific%20and%20virus-specific%20annotations%0A%20%20%20%20titers_base_nolookup%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(titers%5B%5B%22serum%22%2C%20%22virus%22%2C%20%22titer%22%5D%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.add_params(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20virus_selection%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20serum_selection%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cohort_selection%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color_prop_selection%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20min_age_slider%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max_age_slider%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%22y%22%20if%20facet_orientation%20%3D%3D%20%22vertical%22%20else%20%22x%22)%3A%20alt.Y(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3Dlist(reversed(viral_strain_plot_order))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelLimit%3D500%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelColor%3D%7B%22expr%22%3A%20labelColor_expr%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelFontWeight%3D600%2C%20%20%23%20make%20a%20bit%20bolder%20so%20colors%20show%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelExpr%3DlabelText_expr%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.properties(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%22height%22%3A%20alt.Step(11)%2C%20%22width%22%3A%20facet_size%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20facet_orientation%20%3D%3D%20%22vertical%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%20%7B%22width%22%3A%20alt.Step(11)%2C%20%22height%22%3A%20facet_size%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20dummy%20chart%20to%20bind%20the%20selectable%20legend%20for%20serum%20cohort%0A%20%20%20%20dummy_cohort_chart%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(pd.DataFrame(%7B%22cohort%22%3A%20all_cohorts%7D))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.add_params(cohort_selection)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_point(opacity%3D0)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3Dalt.Fill(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22cohort%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22serum%20cohort%20(click%20to%20select)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(domain%3Dall_cohorts%2C%20range%3D%5B%22gray%22%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend%3Dalt.Legend(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20symbolStrokeColor%3D%22black%22%2C%20symbolOpacity%3D1%2C%20columns%3D6%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.properties(width%3D1%2C%20height%3D1)%20%20%23%20tiny%20plot%3B%20legend%20renders%20outside%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20because%20of%20scoping%20issues%20when%20layering%20and%20faceting%20charts%20with%0A%20%20%20%20%23%20transform_lookups%20(faceting%20must%20be%20done%20before%20lookups)%2C%20we%20add%0A%20%20%20%20%23%20this%20function%20to%20do%20the%20faceting%20and%20lookups%0A%20%20%20%20def%20facet_and_add_lookups(chart)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20chart%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20facet%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.facet(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22column%22%20if%20facet_orientation%20%3D%3D%20%22vertical%22%20else%20%22row%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%3A%20alt.Column(%22cohort_n%3AN%22%2C%20title%3DNone)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20lookup%20additional%20data%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_lookup(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lookup%3D%22serum%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20from_%3Dalt.LookupData(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data%3Dmetadata%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20key%3D%22serum%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fields%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22cohorts%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22serum_collection_date%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22age%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22age_numeric%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22sex%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_lookup(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lookup%3D%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20from_%3Dalt.LookupData(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data%3Dviruses%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20key%3D%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fields%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22subtype%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22strain_type%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22subclade%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22color_prop%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22derived_haplotype%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20flatten%20cohorts%20list%20(from%20sera_multicohort)%20to%20one%20row%20per%20cohort%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_flatten(%5B%22cohorts%22%5D%2C%20as_%3D%5B%22cohort%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20filter%20by%20property%20used%20to%20color%20strain%20labels%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(color_prop_selection)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20filter%20by%20cohort%20and%20age%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(cohort_selection)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(alt.datum%5B%22age_numeric%22%5D%20%3E%3D%20min_age_slider)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(alt.datum%5B%22age_numeric%22%5D%20%3C%3D%20max_age_slider)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20make%20facet%20labels%20w%20n%20per%20cohort%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_joinaggregate(n_per_cohort%3D%22distinct(serum)%22%2C%20groupby%3D%5B%22cohort%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_calculate(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cohort_n%3D%22datum.cohort%20%2B%20'%20(n%3D'%20%2B%20datum.n_per_cohort%20%2B%20')'%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color_prop_selection%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dummy_cohort_chart%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20facet_and_add_lookups%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20serum_selection%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20titer_encoding%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20titers_base_nolookup%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20virus_selection%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20mo%2C%20plot_titer_summaries_params)%3A%0A%20%20%20%20%23%20set%20titer%20scale%0A%20%20%20%20titer_lower_limit%20%3D%20plot_titer_summaries_params%5B%22titer_lower_limit%22%5D%0A%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22Using%20%7Btiter_lower_limit%3D%7D%22))%0A%20%20%20%20titer_scale%20%3D%20alt.Scale(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20type%3D%22log%22%2C%20nice%3DFalse%2C%20domainMin%3Dtiter_lower_limit%2C%20padding%3D4%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20titer_lower_limit%2C%20titer_scale%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20titer_encoding%2C%20titer_scale%2C%20titers_base_nolookup%2C%20virus_selection)%3A%0A%20%20%20%20%23%20make%20median%20titer%20point%20chart%0A%20%20%20%20median_points%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20titers_base_nolookup.transform_aggregate(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20median_titer%3D%22median(titer)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20groupby%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22subtype%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22derived_haplotype%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22strain_type%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22subclade%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22cohort%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titer_encoding%3A%20alt.X(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22median_titer%3AQ%22%2C%20title%3D%22titer%22%2C%20scale%3Dtiter_scale%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22derived_haplotype%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22median_titer%3AQ%22%2C%20format%3D%22.1f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22strain_type%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22subclade%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Dalt.condition(virus_selection%2C%20alt.value(%22red%22)%2C%20alt.value(%22black%22))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20size%3Dalt.condition(virus_selection%2C%20alt.value(80)%2C%20alt.value(40))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_circle(opacity%3D1)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20facet_and_add_lookups(median_points)%0A%20%20%20%20return%20(median_points%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20serum_selection%2C%20titer_encoding%2C%20titer_scale%2C%20titers_base_nolookup)%3A%0A%20%20%20%20%23%20make%20per-serum%20lines%0A%20%20%20%20serum_lines%20%3D%20titers_base_nolookup.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**%7Btiter_encoding%3A%20alt.X(%22titer%22%2C%20scale%3Dtiter_scale)%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20detail%3Dalt.Detail(%22serum%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22derived_haplotype%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22serum%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22titer%22%2C%20format%3D%22.1f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22serum_collection_date%3AN%22%2C%20title%3D%22serum%20date%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22age%3AN%22%2C%20title%3D%22age%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22sex%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20size%3Dalt.condition(serum_selection%2C%20alt.value(3)%2C%20alt.value(1.5))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20opacity%3Dalt.condition(serum_selection%2C%20alt.value(1)%2C%20alt.value(0.2))%2C%0A%20%20%20%20).mark_line()%0A%0A%20%20%20%20%23%20facet_and_add_lookups(serum_lines%20%2B%20median_points)%0A%20%20%20%20return%20(serum_lines%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20titer_encoding%2C%20titer_scale%2C%20titers_base_nolookup)%3A%0A%20%20%20%20%23%20make%20interquartile%20range%20chart%0A%0A%20%20%20%20interquartile_range%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20titers_base_nolookup.transform_joinaggregate(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20median_titer%3D%22median(titer)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titer_q1%3D%22q1(titer)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titer_q3%3D%22q3(titer)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20groupby%3D%5B%22virus%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**%7Btiter_encoding%3A%20alt.X(%22titer%22%2C%20scale%3Dtiter_scale)%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22derived_haplotype%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22median_titer%3AQ%22%2C%20format%3D%22.1f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22titer_q1%3AQ%22%2C%20format%3D%22.1f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22titer_q3%3AQ%22%2C%20format%3D%22.1f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22strain_type%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22subclade%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_errorband(extent%3D%22iqr%22%2C%20opacity%3D0.5%2C%20interpolate%3D%22linear%22)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20facet_and_add_lookups(interquartile_range%20%2B%20median_points)%0A%20%20%20%20return%20(interquartile_range%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20alt%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20plot_titer_summaries_params%2C%0A%20%20%20%20titer_encoding%2C%0A%20%20%20%20titer_lower_limit%2C%0A%20%20%20%20titers_base_nolookup%2C%0A%20%20%20%20virus_selection%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20make%20fraction%20below%20titer%20cutoff%20chart%0A%0A%20%20%20%20titer_cutoff%20%3D%20plot_titer_summaries_params%5B%22titer_cutoff%22%5D%0A%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22Setting%20initial%20%7Btiter_cutoff%3D%7D%22))%0A%0A%20%20%20%20titer_cutoff_slider%20%3D%20alt.param(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dtiter_cutoff%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bind%3Dalt.binding_range(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20min%3Dtiter_lower_limit%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max%3D1000%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%3D%22fraction%20sera%20below%20this%20cutoff%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20make%20titer%20cutoff%20chart%0A%20%20%20%20frac_below_cutoff%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20titers_base_nolookup.add_params(titer_cutoff_slider)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_calculate(below_cutoff%3Dalt.datum%5B%22titer%22%5D%20%3C%20titer_cutoff_slider)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_aggregate(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_below_cutoff%3D%22sum(below_cutoff)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_total%3D%22distinct(serum)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20groupby%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22subtype%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22derived_haplotype%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22strain_type%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22subclade%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22cohort%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_calculate(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20frac_below_cutoff%3Dalt.datum%5B%22n_below_cutoff%22%5D%20%2F%20alt.datum%5B%22n_total%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titer_encoding%3A%20alt.X(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22frac_below_cutoff%3AQ%22%2C%20title%3D%22fraction%20below%20cutoff%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22virus%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22derived_haplotype%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22frac_below_cutoff%3AQ%22%2C%20format%3D%22.2f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22strain_type%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22subclade%3AN%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Dalt.condition(virus_selection%2C%20alt.value(%22red%22)%2C%20alt.value(%22black%22))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_bar(opacity%3D0.8)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20facet_and_add_lookups(frac_below_cutoff)%0A%20%20%20%20return%20(frac_below_cutoff%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20alt%2C%0A%20%20%20%20chart_htmls%2C%0A%20%20%20%20circulating_strain_type%2C%0A%20%20%20%20color_prop_selection%2C%0A%20%20%20%20dummy_cohort_chart%2C%0A%20%20%20%20facet_and_add_lookups%2C%0A%20%20%20%20facet_orientation%2C%0A%20%20%20%20frac_below_cutoff%2C%0A%20%20%20%20interquartile_range%2C%0A%20%20%20%20itertools%2C%0A%20%20%20%20median_points%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20serum_lines%2C%0A%20%20%20%20strain_color_prop%2C%0A%20%20%20%20subtypes%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20made_chart%20%3D%20%7Bc%3A%20False%20for%20c%20in%20chart_htmls%7D%0A%0A%20%20%20%20for%20_subtype%2C%20strain_type%2C%20(chart_obj%2C%20chart_desc%2C%20title)%20in%20itertools.product(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20subtypes%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%22recent%22%2C%20%22vaccine%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20serum_lines%20%2B%20median_points%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22individual_sera%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22median%20(points)%20and%20per-serum%20(lines)%20titers%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20interquartile_range%20%2B%20median_points%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22interquartile_range%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22median%20(points)%20and%20interquartile%20range%20titers%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20frac_below_cutoff%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22frac_below_cutoff%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22fraction%20sera%20below%20titer%20cutoff%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filepattern%20%3D%20f%22%7B_subtype%7D_%7Bstrain_type%7D_%7Bchart_desc%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filename%20%3D%20%5Bc%20for%20c%20in%20chart_htmls%20if%20filepattern%20in%20c%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20assert%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20len(filename)%20%3D%3D%201%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%20f%22did%20not%20find%20one%20filepattern%3D%7Bfilepattern!r%7D%20in%20chart_htmls%3D%7Bchart_htmls!r%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filename%20%3D%20filename%5B0%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20strain%20types%20to%20plot%0A%20%20%20%20%20%20%20%20strain_types%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22recent%22%3A%20%5Bcirculating_strain_type%2C%20%22recent_vaccine%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22vaccine%22%3A%20%5B%22vaccine%22%2C%20%22recent_vaccine%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%5Bstrain_type%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20----%20Make%20the%20legend%20for%20the%20colored%20strain%20labels%20------------------------%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20get%20the%20virus%20colors%20plotted%20for%20the%20labels%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plotted_colors%20%3D%20strain_color_prop%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(strain_color_prop%5B%22subtype%22%5D%20%3D%3D%20_subtype)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%26%20(strain_color_prop%5B%22strain_type%22%5D.isin(strain_types))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%5B%5B%22color_prop%22%2C%20%22color%22%5D%5D.drop_duplicates()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label_color_legend%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(plotted_colors)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.add_params(color_prop_selection)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_point(opacity%3D0)%20%20%23%20invisible%20mark%3B%20we%20just%20want%20the%20legend%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fill%3Dalt.Fill(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22color_prop%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22virus%20type%20(click%20to%20select)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20domain%3Dlist(reversed(plotted_colors%5B%22color_prop%22%5D.tolist()))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20range%3Dlist(reversed(plotted_colors%5B%22color%22%5D.tolist()))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend%3Dalt.Legend(symbolType%3D%22square%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.properties(width%3D1%2C%20height%3D1)%20%20%23%20tiny%20plot%3B%20legend%20renders%20outside%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20----%20Finished%20making%20the%20legend%20for%20the%20colored%20strain%20labels%20-------------%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chart%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.vconcat(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20facet_and_add_lookups(chart_obj)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(alt.datum%5B%22subtype%22%5D%20%3D%3D%20_subtype)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.transform_filter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.FieldOneOfPredicate(%22strain_type%22%2C%20strain_types)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label_color_legend%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dummy_cohort_chart%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20spacing%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.resolve_scale(fill%3D%22independent%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_axis(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20grid%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titleFontWeight%3D%22normal%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titleFontSize%3D13%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelOverlap%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_header(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3DNone%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelOrient%3D%22top%22%20if%20facet_orientation%20%3D%3D%20%22vertical%22%20else%20%22right%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelFontSize%3D13%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelPadding%3D2%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_view(stroke%3D%22black%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_facet(spacing%3D8)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_legend(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelFontSize%3D12%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titleFontSize%3D13%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20symbolStrokeWidth%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20symbolOpacity%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20symbolStrokeColor%3D%22black%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20columns%3D12%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20orient%3D%22bottom%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.properties(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Dalt.TitleParams(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7Btitle%7D%20for%20%7B_subtype%7D%20%7Bstrain_type%7D%20strains%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20anchor%3D%22middle%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fontSize%3D13%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20any(made_chart.values())%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22Displaying%20just%20the%20first%20chart%20here%20(since%20they%20are%20large).%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(chart)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22Saving%20to%20filename%3D%7Bfilename!r%7D%5Cn%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chart.save(filename)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20made_chart%5Bfilename%5D%20%3D%20True%0A%0A%20%20%20%20assert%20all(made_chart.values())%2C%20f%22made_chart%3D%7Bmade_chart!r%7D%22%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A